تهدف هذه الأمانة إلى الاهتمام بالبحوث والدراسات الزكوية وتحديثها والعناية بها وزيادة الجهد المبذول في البحوث والكتابات الخاصة بالقضايا الكلية للزكاة وربطها بقضايا التنمية البشرية و تجميع كافة النتائج الفكرية للعلماء داخل وخارج السودان ونشر الفقه و المعرفة الزكوية وتخصيب تجارب الدول الإسلامية والاستفادة من نتائج تجربتها الزكوية وتعزيزها.
المهام: 1- خدمات البحوث في مجال الزكاة والتعاون في هذا الصدد مع المؤسسات العلمية والبحثية داخل السودان وخارجه. 2- تأصيل تجربة الزكاة وتخصيبها بالدراسات والبحوث الجامعية . 3- إصدار مجلة دورية محكمة وتشجيع الكتاب والباحثين لإثرائها بجهودهم الفكرية. 4- تنظيم الاجتهاد المؤسسي في مجال الزكاة وتطويره. 5- رعاية الدراسات الأكاديمية الزكوية. 6- استقطاب العلماء والباحثين لمعالجة القضايا المستجدة في مجال الزكاة. 7- المساهمة في إعداد وصياغة مناهج زكوية في مجالات التربية والإعلام. 8- إعداد مقترحات الأبحاث وملخصات الأفكار والترويج لها لدى العلماء والباحثين. 9- الدراسات السكانية وما يتصل بها من دراسات للفقر والتنمية البشرية والهويات الاجتماعية. 10- القيام بالاستطلاعات الخاصة بقياس الرأي العام أو الدراسات الاستكشافية للمجالات الجديدة التي يمكن أن ترتادها الزكاة. 11- إجراء الدراسات وإعداد المقترحات اللازمة لنقل نظم وتقنيات الأعمال والمشروعات الاقتصادية والاجتماعية وتيسير تداولها وربطها بأعمال وبرامج مؤسسات الزكاة.